Ter voorbereiding van een gastric bypass zal er over het algemeen een bloedonderzoek plaatsvinden evenals een echografie van de buik. Bij een aantal patiënten zal er verder nog een elektrocardiogram (ECG) met of zonder het uitvoeren van een hartspecialistisch onderzoek worden gedaan. Dit geldt eveneens voor het maken van een longfoto en een gastroscopie. Voor een aantal mensen zal er eveneens een psychologisch onderzoek plaats dienen te vinden om te kunnen beoordelen of zij de ingrijpende operatie wel aan kunnen.
In de regel zal men ook een aantal deskundige moeten consulteren zoals een internist of een endocrinoloog. Daarnaast zullen veel mensen die een gastric bypassoperatie uit willen laten voeren ook een bezoek gaan brengen vooraf aan een diëtist.
Mensen die regelmatig medicijnen tot zich nemen zullen dit ruim voor de ingreep aan de behandeld arts dienen te melden. Met name gebruikers van bloedverdunnende middelen zullen dit aan moeten geven voor de operatie wordt gepland. Deze medicijnen dienen in veel gevallen enige tijd voor de aanvang van de gastric bypass gestopt te worden.
Op de dag dat de ingreep plaats zal gaan vinden blijft men vanaf middernacht geheel nuchter. Met andere woorden: men mag vanaf dat moment niets meer eten of drinken. Bepaalde medicaties mag men in de ochtend nog wel innemen met een kleine hoeveelheid water. De behandeld arts kan een patiënt daarover voldoende in kunnen lichten.
Uiteraard zal men, voordat de operatie gaat beginnen, zich gedoucht of gebaadt dienen te hebben zodat de hygiëne niet in het geding kan komen. Ook zal men een zogenaamd operatiekleed dienen te dragen, vaak in combinatie met een speciale operatieslip. Hierdoor wordt de kans op infecties nog verder teruggedrongen. Deze maatregelen zijn echter niet alleen van kracht wanneer men een gastric bypass uit wil laten voeren maar standaard voor de meeste grote operatieve ingrepen.