Omdat de kans op complicaties groter is krijg je bij een zwangerschap door ivf een intensieve begeleiding. Eventuele problemen die kunnen ontstaan zijn meestal al bij de vooronderzoeken voor ivf ontdekt. De eierstokken en het sperma van de man zijn al vooraf uitvoerig getest op erfelijke afwijkingen en stoornissen. Vrouwen die door ivf zwanger zijn geworden krijgen vaker ter controle voor eventuele complicaties een echografie. Bij het gebruik van donor eitjes of donorzaad is de kans op complicaties door een miskraam groter dan bij gebruik van eigen materialen. De baarmoeder kan de vreemde stoffen afstoten. Belangrijk is het om je vooraf goed voor te bereiden op het risico van complicaties. Ook dat je misschien vaker dan vermoed een in-vitrofertilisatie behandeling zult moeten ondergaan.
Ook kun je een miskraam krijgen met eigen eicel en sperma. Daarnaast is de kans groter op een buitenbaarmoederlijk zwangerschap. Het verschil tussen een buitenbaarmoederlijk- en normale miskraam is met name de pijn. Bij een miskraam door een buitenbaarmoederlijk zwangerschap is deze acuut en heftig. Bij een normale miskraan heb je buikpijn. Een bekende complicatie bij ivf zijn de meerlingen. Een arts kan besluiten om slechts één embryo terug te plaatsen, hierdoor heeft de baby een betere groei- en overlevingskans. De meeste ivf baby’s worden met een laag geboortegewicht geboren. Het terugplaatsen van één embryo vergroot wel de kans dat je vaker een ivf behandeling moet ondergaan en betalen voor deze lukt. Net als bij een normale zwangerschap ben je na het eerste trimester bij een eenling redelijk veilig, bij een meerling is dit na vier maanden.