Door het klein aantal soorten primaire allergenen zou men kunnen verwachten, dat een allergie simpel is te voorkomen. Er zijn echter een aantal redenen waarom het hebben van een voedselallergie toch een (toenemend) probleem zou kunnen zijn.
Zo worden juist de meest belangrijke eiwitten die voor een allergie zorgen door de voedingsindustrie bewust aan levensmiddelen toegevoegd, om zo de eigenschappen ervan te veranderen. Zo wordt melkeiwit aan yoghurt, sauzen en soepen toegevoegd net zoals soja-eiwit aan hulpstoffen (ondermeer aan emulgatoren) en kippe-eiwit in banket gedaan.
Maar ook per ongeluk kunnen allergenen in het voedsel van iemand terechtkomen die een voedselallergie heeft. In de voedingsindustrie kunnen verschillende productielijnen onderling zijn verbonden waardoor bepaalde voedingsstoffen ook elders terecht kunnen komen. In de thuissituatie bestaat daarnaast de kans dat men door het voedsel van huisgenoten of het keukengerei allergenen binnen krijgen als men niet oppast.
Allergenen kunnen verder door lichamelijk contact, zoals tijdens het spel van kinderen of het geven van een hand of een kus ongewenst over worden gedragen. Daarnaast kan er een reactie optreden op allergenen van andere stoffen welke vrijwel een gelijke vorm hebben en daardoor een kruisallergie tot gevolg hebben.
Een voornaam kenmerk van een voedselallergie is dat de bekende klachten en de symptomen in een groot deel van alle gevallen pas laat na het nuttigen van de allergenen op zullen treden. Reacties kunnen zelfs 24 tot 48 uur later pas gaan openbaren. Het verband tussen bepaalde voedingsmiddelen en de klachten die men ervaart zullen de betreffende persoon dan ook dikwijls ontgaan. Het lichaam reageert dus wel op de allergenen maar niet op tijd genoeg om eenvoudig de link te kunnen leggen met een bepaalde voedselallergie.