Complicaties door een chlamydia infectie die niet tijdig ontdekt- en behandeld wordt komt vaker voor bij vrouwen. De chlamydia infectie kan zich gaan verspreiden naar de voortplantingsorganen. Er kan een afwijkende structuur ontstaan waardoor zet name zwanger worden een probleem kan zijn of worden. De chlamydia bacterie kan de eileiders en de baarmoeder besmetten. Vaak is besmetting bij de voortplantingsorganen te merken aan buikpijn die maar niet weg lijkt te gaan. De meeste vrouwen zijn echter buikpijn gewend waardoor de complicaties kunnen toenemen. In het ergste geval treedt onvruchtbaarheid op. Vrouwen die een afwijking hebben opgelopen door een onbehandelde chlamydia infectie hebben vaker te maken met een buitenbaarmoederlijk zwangerschap. Ook is bij vrouwen de kans op een HIV infectie groter.
Zowel mannen als vrouwen kijken er tegen op als zij bij de diagnose chlamydia hun seksuele partners en voormalig seksuele partners op de hoogte moeten brengen. Een schaamtegevoel speelt hierbij een grote rol. Het is echter belangrijk om dit wel te doen, je kunt seksuele partners besmet hebben. Niet elke chlamydia patiënt krijgt klachten, maar dat wil niet zeggen dat zij dan ook geen complicaties kunnen krijgen. Ook besmetten zij hun huidige partners met een chlamydia infectie. Vrouwen met een chlamydia infectie zonder klachten kunnen ongewild hun kind besmetten bij de bevalling. Als je wisselende seksuele contacten hebt gehad, of een tot twee weken na een onbeschermd seksueel contact klachten krijgt als jeuk, pijn, vreemde afscheiding, bij orale seks keelpijn neem dan contact op met de huisarts voor een onderzoek. Voorkomen is beter dan genezen, of niet meer kunnen genezen.