Door een fatblocker namelijk structureel te gaan gebruiken zal het lichaam hieraan gewend raken en zal de werking van het middel af gaan nemen. Bovendien zal niet de fatblocker het vet dat zich in het lichaam heeft opgeslagen gaan verbranden maar zal men dit zelf dienen te doen door een combinatie van voldoende lichaamsbeweging en een gezond en uitgekiend dieet. Verder loopt men, door het gebruik van fatblockers, het risico dat, nadat men met deze middelen weer is gestopt, in korte tijd juist extra lichaamsgewicht zal vergaren. Het lichaam ziet zijn kans immers schoon om een nieuwe reserve van vetten aan te leggen zodra de blocker is verdwenen. Het gevolg zal dan ook vaak zijn: een nog hoger lichaamsgewicht en men krijgt te maken met het veel besproken jojo-effect.
Op het moment dat men toch besluit om een fatblocker in te zetten om gewicht te verliezen dan doet men er zeer verstandig aan dit niet op eigen houtje te gaan doen maar eerst een arts te raadplegen. Hoewel artsen in de regel geen voorstanders zijn van dit soort middelen kan er in uitzonderlijke situaties toch gebruik van worden gemaakt. De arts kan dan wel vertellen hoe de gebruiker met de fatblockers om dien te gaan en bovenal deze van tijd tot tijd controleren en indien nodig het gebruik bijsturen.
De meeste artsen zullen echter in veel gevallen eerst proberen of hun patiënt met overgewicht met behulp van een aanpassing van het leefpatroon, zoals met behulp van een dieet en voldoende lichaamsbeweging, gewicht kan verliezen, eventueel onder de deskundige begeleiding deskundige op dit gebied.