In het ziekenhuis kom je aan een infuus dat zorgt voor een verminderde stolling van het bloed. Meestal mag men naar huis als het infuus verwijdert kan worden. Verdere behandeling bestaat uit een antistolling kuur. Afhankelijk van de ernst kan een antistolling kuur drie tot zes maanden duren. Tijdens de kuur worden controles uitgevoerd door de trombosedienst. De controles worden meestal thuis gedaan maar kunnen ook plaatsvinden in het ziekenhuis of in een medisch centrum. Bij bedlegerige patiënten met trombose komt een fysiotherapeut om bewegingsoefeningen te doen. De fysiotherapeut komt zowel in het ziekenhuis als thuis aan bed. De bewegingen zijn noodzakelijk om de bloedstroming actief te houden zodat geen bloedstolsels kunnen ontstaan. Ook mensen met een dwarslaesie krijgen deze fysiotherapie om trombose te voorkomen.
Patiënten met een chronische trombose krijgen bloedverdunners voorgeschreven om bloedstolsels zoveel mogelijk te voorkomen. Als de trombose mede wordt veroorzaakt door vernauwing van de aderen dan kan er een dotterbehandeling- of omleiding van de aderen plaatsvinden om het risico te verkleinen. Genezen kan men trombose niet. De behandeling van trombose is daarom vooral gericht op het voorkomen van trombose en uiteraard het oplossen van de trombose die ontstaat. Het voorkomen van trombose wordt gedaan bij mensen die een zware operatie hebben gehad, mensen die een lange periode niet kunnen of mogen bewegen maar ook bij bijvoorbeeld vrouwen die een keizersnede hebben gehad. Men krijgt in deze gevallen een injectie- of meerdere injecties tegen trombose. De injecties worden niet alleen aan risicopatiënten gegeven maar uit voorzorg aan alle patiënten.