De meeste aandoeningen van de bovenste luchtwegen, zoals een keelontsteking (faryngitis), een bijholteontsteking (sinusitis), en een strottenhoofdontsteking (laryngitis), zijn het gevolg van virale- of van een bacteriële infectie. De bovenste luchtwegen kennen eveneens nog andere aandoeningen. Hierbij kan men onder andere denken aan: een infectie die veroorzaakt wordt door een schimmel, zoals bij spruw het geval is. Maar ook allergische reacties, zoals allergische rinitis, dit is een ontsteking van het neusslijmvlies ten gevolge van een allergie. Verder kunnen de bovenste luchtwegen aan worden gedaan door diverse vormen van kanker bijvoorbeeld strottenhoofd- en keelkanker. Overige aandoeningen welke niet het gevolg zijn van infecties komen ook voor in de bovenste luchtwegen, onder andere poliepen in de bijholten.
In zeldzame gevallen is er sprake van aangeboren aandoeningen van de bovenste luchtwegen, of van aandoeningen welke ontstaan door complicaties tijdens het uitvoeren van een chirurgische ingreep. Voor de behandeling van de meeste aandoeningen aan de bovenste luchtwegen zal de patiënt terechtkomen bij een longarts, behalve bij kanker in dit deel van het lichaam want dan is het eveneens mogelijk dat een zogenaamde oncoloog de behandeling van de patiënt, ventueel samen met de longarts, op zich *neemt.
De* bovenste luchtwegen zijn erg gevoelig voor prikkels van buitenaf. Op het moment bijvoorbeeld dat men stoffen inademt die een dergelijk effect hebben dan zal men gaan hoesten of niezen. Dit is een natuurlijke reactie van het lichaam om ervoor te zorgen dat deze stoffen zo snel mogelijk weer uit het lichaam zullen verdwijnen en er dus weinig of geen schade aan kunnen richten. Helaas lukt het sommige ziekteverwekkers soms toch om deze barrières door te komen.