Verder zijn er nog een aantal andere verschillen te noemen tussen een virale infectie en een bacteriële infectie. Een virus kan genetisch materiaal in diverse vormen hebben en zijn in de regel aanzienlijk kleiner dan een bacterie. Een bacterie is immers een cellulair micro-organisme en bestaat uit een cel met een celwand. Een virus is daarentegen alleen opgebouwd uit genetisch materiaal met daaromheen een coating van eiwit.
Een bacteriële infectie kan met behul0p van een antibioticum worden bestreden, dit in tegenstelling tot een virale infectie. Een virus kan echter wel worden behandeld door middel van het gebruik van zogeheten antivirale middelen. Dit zijn bepaalde soorten medicijnen welke de vermenigvuldiging van het virus remmen of zelfs helemaal stilleggen. Als patiënt kan men zelf niet nagaan om wat voor soort infectie het gaat. Dit dient in de meeste gevallen uit te worden gezocht in een laboratorium aan de hand van bijvoorbeeld een beetje afgenomen bloed van de patiënt.
Een verschil dat soms wordt gemaakt tussen een bacterie en een virus is: een bacterie is een levend organisme en een virus niet. Men baseert zich hierbij op het feit dat een bacterie een volledige cel is en een virus niet (deze heeft bijvoorbeeld geen celkern). Een virus is als het ware alleen maar een pakketje DNA of RNA dat omgeven is door een laagje eiwitten. Een bacterie is echter veel complexer dan een virus en bestaat dan ook uit een groter aantal onderdelen en chemische stoffen. Een virus gebruikt de moleculen en de chemicaliën uit de gastheercel bij het voortplanten en overleven. Dit onderscheid wordt niet door elke deskundige gebruikt.