De oorzaak van aften of R.O.U. is tot op de dag van vandaag nog altijd niet duidelijk geworden. Er is wel een aantal predisponerende factoren bekend die mogelijk een rol hierbij spelen zoals onder andere een tekort aan bepaalde vitamines, het oplopen van een letsel aan de mond, het stoppen met roken van tabakswaren, een tekort aan slaap, angst en stress, een overgevoeligheid voor sommige bestanddelen in de voeding die men nuttigt (zoals bijvoorbeeld benzoëzuur), veranderingen in de hormonale huishouding als gevolg van de menstruele cyclus. Echter heeft men het bewijs voor de uiteenlopende factoren nog niet altijd niet even hard weten te maken door middel van wetenschappelijk onderzoek.
Het schuimmiddel dat dikwijls wordt verwerkt in tandpasta (natriumlaurylsulfaat, afgekort als SLS) kan echter aften veroorzaken. Echter, bepaalde wetenschappelijke studies vinden juist weer geen enkel verband tussen dit SLS wat in tandpasta wordt verwerkt en de aften welke in de mondholte ontstaan. Een ander vermoeden dat men heeft is dat aften ontstaan ten gevolge van een minder goede of ontbrekende mondhygiëne. In een niet schone omgeving krijgen ziektekiemen eerder de kans om hun slag te slaan en kunnen dan ook gemakkelijker aften doen ontstaan. Maar ook voor dit vermoeden heeft de wetenschappelijk niet voldoende bewijs weten te vergaren.