Baarmoederhalskanker ontstaat in de cellen van het slijmvlies in het overgangsgebied van de baarmoederhals en de baarmoedermond. Deze vorm van kanker komt voor bij vrouwen van alle leeftijden, maar met name bij vrouwen van 35 tot 50 jaar. Bij het ontstaan van baarmoederhalskanker speelt het humaan papillomavirus (HPV) een belangrijke rol. Dit virus wordt door overgebracht door het hebben van geslachtsgemeenschap. Humaan papillomavirus komt bij een heleboel vrouwen voor: circa 80 procent van alle vrouwen krijgt ooit in haar leven een HPV-infectie. Dikwijls wordt dit door het lichaam vanzelf echter weer opgeruimd.
Baarmoederhalskanker blijkt echter meer voor te komen bij vrouwen die roken dan bij vrouwen die dit niet doen. Mogelijk beïnvloedt roken het immuunsysteem van het lichaam waardoor het humaan papillomavirus eventueel baarmoederhalskanker kan veroorzaken.
De cellen die in de baarmoederhals voorkomen delen zich constant; er bestaat normaal gesproken dus een balans tussen de opbouw en de afbraak van het slijmvlies. Op het moment dat deze balans ontregeld wordt kunnen er enige afwijkende cellen ontstaan. Dit is echter nog geen kanker. Vaak zijn deze afwijkingen het gevolg van een ontsteking of infectie (bijvoorbeeld met het humaan papillomavirus). Dergelijke afwijkende cellen verdwijnen dikwijls vanzelf. Zodra er echter alsmaar meer afwijkende cellen ontstaan, dan is er sprake van een kleine afwijking van een voorstadium van baarmoederhalskanker. Komen er nog meer afwijkende cellen bij, dan ontstaat er een overmatige groei en kan er dus wel baarmoederhalskanker ontstaan die meteen behandeld dient te worden.