In het geval van een virus zijn er nagenoeg geen mogelijkheden tot preventie, een goede hygiëne in acht nemen kan de kans op overdracht in sommige gevallen wel wat verminderen, maar is zeker geen afdoende maatregel. Uitzonderingen hierop zijn het bof en mazelen virus. Daartegen bestaat namelijk een gecombineerd vaccin (BMR, Bof, Mazelen, Rode Hond) dat kan worden gegeven op de leeftijd van 14 maanden. Dit vaccin is met name ontwikkeld om de ziektes de bof en mazelen tegen te gaan, maar voorkomt eveneens hersenvliesontsteking.
Wanneer men een koortslip heeft is het verstandig om een mondkapje te dragen als men in de nabijheid van een pasgeboren baby komt. Een koortslip wordt veroorzaakt door het herpesvirus en baby’s lopen een grotere kans op hersenvliesontsteking als zij hiermee in aanraking komen.
Er zijn veel een heleboel verschillende bacteriën welke hersenvliesontsteking kunnen veroorzaken. Tegen een aantal daarvan is echter preventie mogelijk.
Zo zal in het geval van meningokokkenziekte er aan de directe omgeving (huisgenoten) profylaxe worden gegeven. Profylaxe wil zeggen: preventieve antibiotica. Gezinsleden van een patiënt met hersenvliesontsteking lopen meerdere malen zoveel risico dan een buitenstaander om ziek te worden. Om die reden krijgen zij antibiotica. De antibiotica doodt de bacterie, mocht men deze bij zich dragen in de slijmvliezen van de neus-/keelholte.
Profylaxe wordt niet gegeven aan de klas-/crèchegenoten, collega’s, vrienden en bekenden van een patient met hersenvliesonstetking waarmee men geen intensief contact heeft. De ervaring heeft geleerd dat er maar erg zelden meer gevallen (secundaire gevallen) rond een patiënt voorkomen. Daarmee wordt tevens tegen gegaan dat er resistentie tegen de antibiotica op gaat treden. Pas op het moment dat er twee of meerdere ziektegevallen aanwezig zijn, wordt antibiotica aan de overige groepsgenoten gegeven. Een oppas kan eventueel wel profylaxe worden gegeven.