Klachten die bij hooikoorts horen zijn aan het bloeiseizoen van grassen en windbestuivende planten gebonden. Dit betreffende seizoen loopt ongeveer van de maand februari tot de maand september. In de meeste gevallen is het stuifmeel van grassen de meest grote boosdoener, maar ook het stuifmeel van bomen zoals bijvoorbeeld de berk en de wilg en struiken waaronder de hazelaar maar ook bepaalde soorten onkruid waaronder weegbree en bijvoet kan klachten tot gevolg hebben. Factoren zoals de bloeitijd van een bepaald gewas, het weer (is het droog dan neemt de pollenconcentratie in de lucht immers toe) en de grootte van de stuifmeelkorrels eveneens van invloed op klachten die gerelateerd zijn aan hooikoorts.
De symptomen van hooikoorts kunnen sterk uiteenlopen en variëren van vaak niezen, een verstopte neus en een loopneus tot rode, branderige en jeukende ogen. Hooikoortsklachten kunnen zowel afzonderlijk als gecombineerd voorkomen. De ernst van de klachten hangt af van het aantal stuifmeelkorrels dat zich in de lucht bevindt en die men dus in kan ademen. De aandoening is ongevaarlijk, maar bij het bestaan van langdurige klachten kan er een beschadiging optreden van het neusslijmvlies welke soms moeilijk zullen herstellen.
In het begin lijken de symptomen van hooikoorts op een gewone neusverkoudheid die alsmaar erger wordt. Het neusslijmvlies is gezwollen en er ontstaat een jeukend en branderig. Hierdoor zullen vervolgens onbedwingbare niesbuien ontstaan en men krijgt last van een loopneus. Door de gezwollen neusslijmvliezen zal de afvoer van de neusbijholtes naar de neus dikwijls verstopt raken. Dit geeft een vol gevoel in het hoofd en vaak een zeurderige vorm van hoofdpijn boven de ogen en de neusrug.
De oogklachten bij hooikoorts bestaan uit jeukende ogen, deze voelen branderig aan en zullen voortdurend tranen. De oogleden zijn daarnaast gezwollen, het oogwit is rood gekleurd en men heeft een overgevoeligheid voor licht. Maar men kan ook symptomen waarnemen in de mond en keel. Deze uiten zich in een droog, branderig gevoel in de keel, jeuk, een droge irriterende hoest, een piepende ademhaling en kortademigheid. Verder kan men huidklachten ontwikkelen zoals ondermeer zwellingen van de huid in het gezicht en om de mond.