Door dit natuurlijke beloop van vaak een periode van spontane verbetering na een aanval zijn reeds erg veel onderzoekers (en patiënten) op een dwaalspoor gezet: de (niet juiste) redenatie van het ging na de behandeling weer beter, naar het ging door mijn behandeling weer beter is namelijk erg klein. Voor multiple sclerose geldt dat een behandeling uitsluitend kan worden beoordeeld door te vergelijken wat er tussen een groep die wel is behandeld en een niet, of anders, behandelde controlegroep.
De gemiddelde levensverwachting bij multiple sclerose is door het chronische beloop echter maar slechts weinig korter geworden. Een flink percentage van de patiënten die lijden aan multiple sclerose is eveneens na twintig jaar nog niet afhankelijk van een rolstoel; andere patiënten zijn na vijf jaar volledig op de hulp van andere mensen aangewezen.
In het eerste stadium van multiple sclerose zijn de klinische verschijnselen het gevolg van een volledige of een gedeeltelijke blokkade van de impulsgeleiding door demyelinisatie op de plaats van de laesies. In latere stadia worden de klinische verschijnselen eveneens voor een groot gedeelte veroorzaakt door het optreden van axonale beschadiging. Multiple sclerose wordt gekenmerkt door het optreden van symptomen welke aan de ene kant berusten op de aandoening van meerdere van elkaar gescheiden lokalisaties in het centrale zenuwstelsel en aan de andere kant door plotselinge verslechteringen die gevolgd worden door spontane verbeteringen dan wel door een langzame progressie.
Het ontsporen van het immunologisch systeem wordt wellicht veroorzaakt door een combinatie van omgevings- en erfelijke factoren. De betekenis van omgevingsfactoren wordt door het feit aangegeven dat er clusters van multiple sclerose bekend zijn en door het feit dat personen die verhuisd zijn van continenten met een hoge prevalentie naar gebieden met een lage prevalentie (of omgekeerd) de prevalentie behouden van het land waar ze hun jeugd door hebben gebracht.