Het tweede gangbare idee over het ontstaan van multiple sclerose gaat daarentegen uit van een virale- of bacteriele-infectie. Er is echter (nog) geen zogenaamd multiple sclerosevirus of een multiple sclerosebacterie door de wetenschap ontdekt. Wel zijn er sterke aanwijzingen dat het Epstein-Barrvirus, het humane herpesvirus 6 (HHV-6) en de bacterie Chlamydia pneumoniae iets te maken hebben met multiple sclerose.
Het derde idee dat men aanvaardbaar vindt om te volgen is een combinatie van de twee eerder genoemde ideeën: een virusinfectie welke leidt tot een ontregeling van het immuunsysteem, waardoor deze zich zal richten tegen de lichaamseigen stof myeline.
Er is vandaag de dag nog altijd relatief weinig bekend over factoren die de kans op het ontstaan van multiple sclerose verhogen. Wel is vast komen te staan dat, naast immunologische factoren, de volgende factoren een rol kunnen spelen bij het ontstaan van sdeze ziekte: genetische- en geologische factoren, de manier van leven en omgevingsfactoren.
uist doordat er niet veel over de exacte oorzaken van multiple sclerose bekend is, is primaire preventie van deze ziekte onmogelijk. Multiple sclerose komt vaker voor in landen met een zogenaamd gematigd klimaat. Geografische factoren spelen een rol in het voorkomen van de ziekte. Zo komt de ziekte meer voor in landen met een gematigd klimaat, zoals België, dan in (sub)tropische oorden. Behalve het klimaat spelen eveneens verschillen in blootstelling aan omgevingsfactoren en verschillen in genetische factoren hierbij een rol. Een gedeelte van de geografische verschillen is echter eveneens toe te schrijven aan verschillen in de diagnostiek en de herkenning van de *ziekte.
Genetische* factoren zijn eveneens bepalend voor de kans op het krijgen van multiple sclerose. Vanaf medio jaren zeventig van de vorige eeuw is bekend dat een bepaalde variant van het HLA-DRB1-gen iets te maken heeft met het krijgen van de ziekte.