Penicillinen kunnen huidirritaties als bijwerkingen geven en in zeldzamere gevallen zelfs een levensbedreigende allergische reactie die anafylaxie wordt genoemd (Anafylaxie). Bij de toediening door middel van een injectie is de kans hierop groter en het gebeurt vaak bij mensen welke reeds eerder een lichte allergische reactie gehad hebben op een bepaalde soort penicilline. Op het moment dat men allergisch is voor één soort penicilline, is het goed mogelijk dat men dit eveneens is voor overige soorten uit de penicillinegroep. Bovenal is circa tien procent van de mensen die allergisch zijn voor penicilline, dat eveneens voor cefalosporinen. Als men allergisch reageert, bijvoorbeeld wanneer men moeite krijgt met ademhalen of een jeukende uitslag krijgt dan moet men met het middel stoppen direct naar arts gaan. Iedereen die vroeger een dergelijke reactie gehad heeft, moet een behandelend arts hierover inlichten.
Tetracyclinen kunnen schade veroorzaken aan de tanden en de botten van iemand die nog in de groei is. Om die reden worden deze middelen niet aan jonge kinderen en zwangere vrouwen voorgeschreven. In zeldzame gevallen hebben aminoglycosiden schade aan de nieren, ernstige huiduitslag en evenwichts- en gehoorstoornissen tot gevolg. Bij het gebruik van tetracyclinen zoals doxycycline dient voorzichtigheid te worden betracht bij blootstelling aan felle *zonneschijn.
Chinolonen* hebben soms stuiptrekkingen tot gevolg en moeten dus bij epilepsie gemeden worden. Ook bij kinderen is men hiermee terughoudend in veerband met eventuele schade aan groeiende gewrichten en pezen. Sulfonamiden hebben soms ernstige bijwerkingen zoals nierschade en huiduitslag.