Toch mag niet gezegd worden dat alle antibiotica een rechtstreekse invloed hebben op het afweersysteem. Wel is het mogelijk dat deze middelen ervoor zorgen dat het afweersysteem zich niet genoeg zal ontwikkelen. Er worden dan immers minder antistoffen voor de betreffende bacterie aangemaakt en het lichaam zal zich een volgende keer dat het hiermee te maken krijgt wellicht moeilijker kunnen verweren.
Op het moment dat men een bacteriele infectie reeds direct in de kiem smoort met behulp van een antibioticum dan zal de natuurlijke afweer niet genoeg ontwikkeld worden. Het gevolg daarvan is dat men meerdere malen met eenzelfde ziekteverwekker besmet zou kunnen worden. Kinderen die erg frequent en snel antibiotica voor krijgen geschreven, lopen daardoor juist een grotere kans op het krijgen van infecties. Dit komt overigens niet doordat hun afweer verzwakt zou zijn, maar doordat deze afweer geen tijd heeft gekregen om voldoende zijn taak uit te oefenen in hun lichaam.
Men moet dus eigenlijk alleen maar een antibioticum gebruiken op momenten dat het werkelijk noodzakelijk is en het echt niet anders kan. Een persoon met een sterke weerstand, die een bacteriële infectie op heeft gelopen is vaak in staat deze te bestrijden zonder het gebruik van antibiotica. Een behandeld arts is dan ook de aangewezen persoon om te beslissen of antibiotica echt het juiste middel is voor een bepaalde ziekte of aandoening.
Dit in tegenstelling tot wat men, kort na de ontdekking van antibiotica, dacht is het absoluut geen wondermiddel dat te pas en te onpas in kan worden gezet. Toen wist men echter nog maar weinig af van de effecten en bijwerkingen van een aantal van deze middelen.