Dit wil echter niet zeggen dat men bij elke bacteriële infectie ook daadwerkelijk een antibioticum moet gaan gebruiken. In de meeste gevallen is het zelfs beter om dit juist niet te doen. Pas op het moment dat het eigen lichaam de infectie niet kan bestrijden si het gebruik van een antibioticum gewenst. Men zal namelijk het afweersysteem voldoende in de gelegenheid dienen te stellen om afweerstoffen voor een bepaalde bacteriële infectie aan te maken. Op die manier kan men enigszins voorkomen dat men al na korte tijd weer door dezelfde bacterie wordt geïnfecteerd.
In een aantal gevallen wordt ook een antibioticum toegediend ter preventie, zoals bijvoorbeeld voor, of regelmatig ook direct na, een operatie waarbij infecties nadelige gevolgen kunnen hebben. Of een dergelijke maatregel nodig is zal de behandeld arts of chirurg bepalen evenals of deze behandeling na de ingreep moet worden voortgezet.
Voor een alledaagse verkoudheid of griep zal emn dus in de regel geen antibioticum voor krijgen geschreven omdat de veroorzakers van een dergelijke aandoening geen bacterie is maar een virus. Daarentegen zal men voor de meeste geslachtsziektes wel een antibioticum nodig hebben om van de klachten af te kunnen komen. Maar ook in dit soort gevallen zal de behandeld arts besluiten het middel, al dan niet, voor te schrijven.
Door te vaak een antibioticakuur te ondergaan loopt men het risico dat het lichaam daar minder goed op gaat reageren en dat men dus niet meer voldoende resultaat zal boeken. Een arts zal om die reden meestal erg terughoudend zijn bij het voorschrijven van een dergelijk middel. Eigenlijk zal er alleen over worden gegaan tot het toedienen van een antibioticum als er geen ander medicijn voor handen is dat effectief kan werken om de kwaal te genezen. Een antibioticum is dus geen wondermiddel dat zomaar te pas en te onpas in zal worden gezet.