De theorie van dit dieet is echter nog in geen enkel geval wetenschappelijk bewezen. De theorie dat er een link zou bestaan tussen de bloedgroep van een persoon en diens eetpatroon is dus altijd slechts een theorie gebleven. De wetenschap heeft dus al snel korte metten weten te maken met het bloedgroepdieet en het naar de prullenbak verwezen. De bedenker van dit dieet heeft zijn ideeen dan ook niet uit wetenschappelijk onderzoek verkregen maar heeft deze opgedaan tijdens zijn studie tot natuurarts.
Een paar punten die door de wetenschap weerlegt konden worden zijn onder andere het feit dat het bloedgroepdieet beweert dat alleen mensen die bloedgroep AB hebben tarwe zouden kunnen verdragen. Indien dit waar zou zijn dan zou dat enorme problemen moeten geven voor de hedendaagse keuken van alledag omdat een groot aantal tarwe= en andere graanproducten worden gebruikt voor het bereiden van maaltijden. Verder is het bloedgroepdieet niet duidelijk uit welke koolhydratenbron mensen met bloedgroep O hun energie zouden kunnen halen.
Veel wetenschappers wijzen het dieet ook naar het land van fabelen omdat de bedenker ervan uitgaat van de eetpatronen van de meest verre voorouders van de mens. Deze oermensen hadden echter slechts een levensverwachting van ongeveer dertig jaar. Dit maakt een vergelijking met de levensstijl van vandaag de dag wel erg lastig. Daarbij komt nog dat de oermensen niet elke dag vlees op hun menu hadden staan en alleen dit aten op het moment dat hun jacht was geslaagd. Voor de rest waren zij afhankelijk van wat ze wisten te verzamelen.