Bij personen die lijden aan coeliakie gaan de darmvlokken stuk, op het moment dat deze van tijd tot tijd met gluten in aanraking komen. Dit heeft uiteenlopende buikklachten tot gevolg. Na verloop van tijd kan de darmwand door het contact met gluten in ernstige mate beschadigd raken. Daardoor kunnen voedingsstoffen slechter op worden genomen en zullen er allerlei klachten in het lichaam ontstaan.
Coeliakie is de meest voorkomende voedselintolerantie van de westerse wereld. Bij veel van de patiënten die lijden aan deze aandoening is de diagnose echter nog niet gesteld. *
Bepaalde* personen die aan coeliakie lijden hebben eveneens last van een chronische aandoening aan de huid, waarbij met name jeuk voorkomt. Deze huidaandoening (Dermatitis herpetiformis, ook bekend onder de naam ziekte van Dühring) wordt veroorzaakt door een overgevoeligheid voor gluten. Niet alle patiënten die lijden aan coeliakie hebben hier echter last van.
Een intolerantie wil zeggen dat een bepaalde stof slecht wordt verdragen, in het geval van coeliakie is dat gluten. Een voedselintolerantie mag niet worden verward met een voedselallergie. Een allergie is namelijk een ongewone reactie van het immuunsysteem op bepaalde stoffen (dit worden allergenen genoemd). Dergelijke allergenen dienen volledig te worden vermeden, omdat erg geringe hoeveelheden reeds heftige reacties tot gevolg kunnen hebben. Bij een intolerantie is het immuunsysteem niet rechtstreeks betrokken.
Een voedselintolerantie wordt eveneens een niet-allergische voedselovergevoeligheid genoemd. Een voedselallergie is een allergische overgevoeligheid voor voedsel. Coeliakie wordt dus niet tot deze categorie gerekend.