Iemand die lijdt aan coeliakie kan dan ook te maken krijgen met symptomen zoals onder andere: diarree, stoornissen die betrekking hebben op de vertering van het voedsel, last van de buik, het ontstaan van een tekort aan mineralen en vitamines, vermoeid zijn, bloedarmoede, een achterstand in de groei, een verminderde bloedstolling, het verlies van lichaamsgewicht, een puberteitsvertraging, onvruchtbaarheid en het ontstaan van miskramen tijdens een zwangerschap.
Het beschadigde slijmvlies van de dunne darm zorgt er vaak voor dat de werking van de darmen wordt verstoord waardoor er niet voldoende vocht uit het te verteren voedsel kan worden gehaald. Dit heeft dan ook vaak diarree tot gevolg. Verder kan het gebeuren dat bepaalde voedingsmiddelen niet of niet volledig kunnen worden verteerd waardoor het lichaam er niet alle benodigde mineralen en vitamines uit weet te halen. Dit zorgt dan weer voor tekorten met alle gevolgen van dien.
Doordat het lichaam niet alle voedingstoffen op kan nemen die feitelijk nodig zijn om te kunnen groeien en functioneren kunnen er vermoeidheidsklachten en zelfs een achterstand in de groei ontstaan wanneer het een kind betreft. Het lichaam mist in dergelijke gevallen bijvoorbeeld de energiebronnen en bouwstenen om op een normale manier te groeien en bezig te kunnen zijn. Door een gebrek aan bepaalde stoffen kunnen er eveneens minder rode bloedplaatjes aan worden gemaakt met als gevolg dat men problemen kan krijgen met de bloedstolling.
Door coeliakie kan men, naast een groeiachterstand, eveneens met een vertraging van de puberteit te maken krijgen door het niet juist kunnen functioneren van het lichaam. Dit wil vaak zeggen dat een kind later gaat puberen en het lichaam zich tot een volwassen man of vrouw zal gaan ontwikkelen. Zelfs infertiliteit (onvruchtbaarheid) kan door de aandoening worden veroorzaakt waardoor mensen die lijden aan coeliakie met een kinderwens in de problemen zullen komen.