Zeldzame complicaties treden in sommige gevallen op in de vorm van hepatitis, interstitiële pneumonie of het syndroom van Guillain-Barré. Infecties die reeds voor de geboorte plaats hebben gevonden, zogenaamde congenitale infecties, kunnen voor ernstige problemen zorgen zoals onder andere een lager gewicht bij de geboorte van het kind. Er kunnen verder vergrotingen zijn van de milt en/of de lever. Maar men kan ook lijden aan geelzucht, purpura, petechitis of pneunomie. Daarnaast komen er vaak problemen met de ogen, zoals bijvoorbeeld chorioretinitis en cataract op. Zelfs problemen op neurologisch gebied kkunnen voorkomen nadat men voor de geboorte is besmet met het cytomegalovirus. Hierbij kan men onder andere denken aan microcefalie, encefalitis en cerebrale calcificaties.
Het cytomegalovirus kan voor enorme problemen zorgen in een geval dat er sprake is van een immuunincompetentie zoals onder andere het geval is bij aids in de vorm van colitis, retinitis en encefalitis en bij patiënten die een orgaantransplantatie ondergaan hebben zal dit pneumonie en hepatitis kunnen *zijn.
Tot* op de dag van vandaag is er nog altijd geen behandeling beschikbaar voor cytomegalie. Het enige dat men zou kunnen doen is het bestrijden of het verminderen van de klachten die door deze infectie zijn ontstaan. Zo kan men bijvoorbeeld een hulpmiddel aanschaffen waardoor men het verlies van het gehoor of het verslechterde zicht (voor een deel) mee op kan vangen. Men kan bijvoorbeeld denken aan een gehoorapparaatje of een bril.
In de regel zal een besmet persoon met een goed afweersysteem geen, of slechts lichte klachten ontwikkelen wanneer men geïnfecteerd is met het cytomegalovirus. Alleen mensen die hier ene probleem mee hebben zullen in bepaalde gevallen met zeer ernstige complicaties te maken kunnen krijgen en daar zelfs aan komen te overlijden mits er niet tijdig bepaalde verschijnselen kunnen worden verholpen of voldoende onder controle kunnen worden gebracht..