De klep bij de uitgang laat telkens een beetje voedsel door in de twaalfvingerige darm, het bovenste deel van de dunne darm. In de dunne darm komen de afvoerstoffen van de alvleesklier en de gal bij de voedingsstoffen. Enzymen die toegevoegd worden zorgen ervoor dat alle goede stoffen uit het mengsel worden gehaald en via de bloedbanen verspreid worden in het lichaam. Voedselresten kan de dunne darm niet verwerken, zij worden getransporteerd van de dunne darm naar de dikke darm. De dunne restanten verlaten het lichaam via de urinewegen.
In de dikke darm worden tijdens het transport naar de endeldarm nog vocht en zouten ontrokken om naar het lichaam vervoerd te worden. Hierdoor wordt de massa in de dikke darm dikker. Bij stoelgangproblemen of te weinig vochtinname wordt de massa droog en hard waardoor het uitscheiden van de ontlasting behoorlijk pijn kan doen. Als er storingen komen in het maag darmstelsel dan krijgen we last van indigestie. Het maag en darmstelsel wordt in medische termen ook wel, het digestieve systeem genoemd. Met een maag die wel dertig centimeter lang kan worden, de dunne darm van ruim vijf meter en de dikke darm van anderhalve meter beslaat het maag en darmstelsel een groot deel van onze buikholte.