Complicaties door membranen en oedeem zijn onder andere obstructies van de luchtweg door zwelling en door een plaatselijke uitbreiding van de membranen in de luchtwegen en de longen. Door membranen die los hebben gelaten kan er een afsluiting van de kleinere luchtwegen ontstaan die door pneumonie.
Bij complicaties door de werking van de toxine kan men onder andere denken aan neuritismetdemyelinisatie van de hersenzenuwen en de perifere zenuwen. Symptomen van uitval van de hersenzenuwen kunnen vanaf de tweede en derde dag van de ziekte ontstaan met verlamming van het palatum molle en de achterste farynxwand, wat slikstoornissen tot gevolg heeft. Na tien dagen kan parese en verlamming van de oogspieren met accommodatiestoornissen optreden. tien dagen tot drie maanden na de eerste dag van de ziekte kan spierzwakte in de ledenmaten optreden ten gevolge van uitval van de perifere motorneuronen. Deze vorm van neuritis herstelt vaak zonder restverschijnselen;
Myocarditis ontstaat vaak in de tweede week van de difterie, dikwijls wanneer de orofaryngeale verschijnselen alweer afnemen. Verder kan een zogeheten vroege myocarditis ontstaan tussen de derde en de zevende dag van de ziekte. Bij zestig procent van de respiratoire difteriegevallen zijn ECG-afwijkingen aan te tonen. Maar in tien tot vijfentwintig procent van de respoiratoire gevallen zijn klinische symptomen van het niet goed functioneren van het hart waar te nemen zoals decompensatio cordis en circulatoire collaps, of geleidelijke klachten van toenemende dyspneu, hartdilatatie, galopritme en zwakte. Soms kan men te maken krijgen met complicaties die een fatale afloop kunnen hebben.
Acute tubulusnecrose komt zelden voor. De totale sterfte bij difterie bedraagt drie tot twaalf procent. Vaak sterven patiënten op de derde of vierde ziektedag door asfyxie of een vroeg ontstane myocarditis, maar er sterven eveneens patiënten tot acht weken na aanvang van de difterie aan een plotse hartdood. Overlijden bij mensen die volledig gevaccineerd zijn is extreem zeldzaam.