Het virus kan zich enige tijd terug trekken in de zenuwen, maar er blijven altijd virusdeeltjes op de huid en in de slijmvliezen aanwezig. Het vervelende daarvan is, dat de seksuele partner die geen actieve herpesinfectie heeft wel haar of zijn partner met het virus kan besmetten. Soms zijn er helemaal geen klachten, maar is de kans op besmetting van de seksuele partner erg groot. Bij de man is de herpes infectie te herkennen aan zeer pijnlijke blaasjes, die snel stuk kunnen gaan. Het worden dan erosies van enkele millimeters groot en zijn te zien op de glanspenis, de voorhuid en de schacht van de penis. Als de blaasjes intact blijven lijkt het net of er een pusachtige substantie in de blaasjes aanwezig is.
De meeste patiënten hebben last van de lymfklieren in de liezen die verdikt en erg pijnlijk kunnen zijn.
Vrouwen krijgen vergelijkbare afwijkingen in en rond de vagina. Zij merken dat het plassen pijnlijk is. Als de genitale herpes niet behandeld wordt, verdwijnt het meestal na drie weken. Velen merken helemaal niet dat zij besmet zijn. De klachten zijn soms mild of zelfs helemaal niet aanwezig. Alhoewel het virus zich dus levenslang schuil houdt in de zenuwen van de huid en de slijmvliezen in het genitaal gebied, is het niet te voorspellen wanneer en hoeveel aanvallen er zullen optreden.