Direct na de plaatsing van een maagballon zal men merken dat er in de maag een voorwerp zit dat er eigenlijk niet thuis hoort. De maag zal de eerste dagen dan ook kunnen gaan krampen en men kan zich misselijk voelen. Een aantal mensen heeft zelfs last van problemen met hun spijsvertering of moeten braken de dagen na het inbrengen van een maagballon. Voor dit soort klachten kan men echter medicatie vragen aan de behandeld arts zodat deze goed onder controle kunnen worden gehouden.
Andere complicaties kunnen zijn een slokdarmontsteking, zure oprispingen en een slecht ruikende adem. Deze klachten houden in de regel een paar dagen aan maar wanneer men er veel last van heeft kan men ook hier de arts vragen medicatie voor te schrijven om de klachten te verminderen of te verhelpen. Een complicatie die aanzienlijk minder vaak voorkomt is het ontstaan van een zogeheten maagzweer. De kans dat men dit krijgt is echter zeer gering te noemen.
Met andere woorden: de meeste complicaties die op kunnen treden bij het plaatsen van een maagballon duren slechts een paar dagen. Alleen wanneer er sprake is van een lek in de maagballon dient men resoluut te handelen en deze door een arts weg te alten halen om verstopping te kunnen voorkomen. De overige complicaties kunnen over het algemeen uitstekend worden opgevangen door specifieke medicatie in te nemen.