Het lichaam beschouwt een maagballon namelijk als een lichaamsvreemd object en heeft ongeveer tien tot veertien dagen nodig om zich hieraan aan te passen. Naast een gevoel van misselijkheid kan men gedurende de eerste week pijn in de schouders voelen. Dit wordt veroorzaakt doordat de maagballon tegen het middenrif aan is gelegen. In de regel heeft men na de eerste drie of vier dagen na de plaatsing van de maagballon er geen last meer van, de maag heeft zich hier dan verder aan aangepast.
Men kan gedurende de tijd na de plaatsing van de maagballon last hebben van een slechte adem en klachten aan de slokdarm hebben. De maagballon kan verder het legen van de maag verstoren waardoor resten van het genuttigde voedsel in de maag achterblijven. Dit kan de oorzaak zijn van een slecht ruikende adem. Men kan dat echter voorkomen door zowel meteen na de maaltijden als bij een lege maag veel te drinken en de tanden en tong regelmatig goed te poetsen.
In tegenstelling wat veel mensen vrezen voelt men een maagballon na de [plaatsing helemaal niet in de maag zitten. Enkel bij snelle bewegingen en bijvoorbeeld draaien in bed kan men soms de maagballon even opmerken.
Na de ingreep krijgt men maagzuurremmers en zetpillen die bedoeld zijn tegen pijn en tegen het gevoel van misselijkheid. Voor de duur van de totale periode van zes maanden na de ingreep dient men deze maagzuurremmers te slikken. Teveel aan maagzuur kan er immers bij overgeven voor gaan zorgen dat de slokdarm zal gaan ontsteken. De zetpillen zijn echter alleen voor de eerste paar dagen om op die manier de pijn en misselijkheid te verlichten.