Voor de verwijdering van de maagballon neemt men exact dezelfde voorzorgsmaatregelen als voor de plaatsing ervan. Er geldt dus eveneens een gelijk beleid ten aanzien van de nuchterheid als bij de plaatsing van de maagballon.
Het weghalen van een maagballon gebeurt op een gelijke wijze als de plaatsing ervan dus langs een gastroscoop wordt door de arts de maagballon lek geprikt. Hierna zal men deze leeg laten lopen en weghalen uit de maag. Van deze ingreep merkt men eveneens helemaal niets omdat men wederom een licht slaapmiddel toegediend heeft gekregen. Na het weghalen van de maagballon kan de keel iets gevoeliger zijn dan bij het plaatsen ervan. Het verwijderen gaat immers tegen de natuurlijke slikbeweging in en is daardoor een beetje lastiger dan de plaatsing.
Op het moment dat men de maagballon weg heeft gehaald heeft de maag weer het oude volume teruggekregen. Men zal dus merken dat men minder snel is verzadigd en dus een gevoel van honger kan krijgen wanneer men evenveel eet als toen men de maagballon nog wel had. De kans bestaat dat men na de verwijdering van de maagballon meer begint te eten en daardoor het effect ervan teniet zal doen. Het is dus van groot belang dat men blijft letten op wat men eet en zeker ook hoeveel men eet om het effect te kunnen behouden.