Op het moment dat malaria niet meteen wordt behandeld met effectieve medicatie dan kan dit vaak het overlijden van de patiënt tot gevolg hebben. Er is een aanzienlijk scala aan medicijnen voor malaria, en er komen van tijd tot tijd zelfs nieuwe middelen bij. Dat is helaas ook noodzakelijk, want de parasiet die voor malaria verantwoordelijk is heeft een sterk vermogen om resistentie tegen deze medicatie te ontwikkelen. Het eerste middel fdat werd ingezet tegen malaria was kinine\, een alkaloïde dat uit kinabast (dit is bast van de kinaboom uit Zuid-Amerika) gewonnen werd. Kinine werd door jezuïeten naar Europa gebracht, daarom werd het ook dikwijls jezuïetenpoeder genoemd. *
Gedurende* een lange tijd konden de parasieten worden bestreden met behulp van chloroquine, een van kinine afgeleid, relatief goedkoop, middel dat de parasieten in de rode bloedcellen elimineert. In de loop van de tijd zijn plasmodium falciparum en in mindere mate ook plasmodium vivax resistent geworden voor chloroquine. Kinine wordt overigens nog altijd veelvuldig ingezet bij gecompliceerde malaria tropica. Het wordt in deze gevallen vaak in de vorm van een injectie toegediend. Wel treedt in Zuidoost-Azië alsmaar meer resistentie tegen kinine op.
Waar chloroquine niet effectief is, wordt dikwijls mefloquine voorgeschreven. Dit middel geeft echter bij bepaalde personen ernstige bijwerkingen, die in sommige gevallen van psychiatrische aard zijn en die lange tijd aan kunnen houden.
Een nieuwer middel is een combinatietherapie op basis van artemisinine. De behandeling is aanzienlijk duurder dan die met chloroquine, en wordt om die reden (nog) veel minder gebruikt dan wenselijk is. Een verhoopt voordeel van combinatietherapie is dat plasmodia langzamer resistentie zullen ontwikkelen.