Een aanzienlijk rigoureuzere methode om malaria te kunnen voorkomen is door de veroorzaker ervan, dus de malariamug te gaan bestrijden. Dit kan men onder andere doen door ondiep, stilstaand water droog te leggen zodat de muggen hun eitjes niet meer kunnen leggen. Zo is de ziekte bijvoorbeeld uit de Verenigde Staten en het zuiden van Europa verdreven.
Om de muggen te lijf te gaan kan men verder nog gebruik maken van insecticiden. In huis de muggen bestrijden met behulp van insecticide is drie maanden tot een half jaar effectief, dit hangt af van het type bestrijdingsmiddel en het materiaal dat ermee wordt bespoten. Het gebruik van DDT is in gematigde gebieden een effectief middel gebleken, zelfs tot een jaar na de besproeiing. Vandaag de dag wordt onderzocht of malariamuggen uit zijn te schakelen door het uitzetten van genetisch gemodificeerde of steriele muggen zodat zij zich niet langer voort kunnen planten en uiteindelijk uit zullen sterven.
Het toedienen van medicijnen als voorbehoedmiddel tegen malaria aan personen welke blootgesteld worden aan malariamuggen; heeft met name nut bij individuen die niet in de tropen woonachtig zijn, maar enkel een bezoek hieraan brengen. Gebruikte middelen zijn onder andere atovaquon/proguanil, proguanil, mefloquine, doxycycline en primaquine.
Het toedienen van een vaccinatie zou een nog betere oplossing zijn ter preventie van malaria, ware het niet dat er tot op de dag van vandaag (nog) geen vaccin tegen deze ziekte is ontwikkeld. De wetenschappelijke onderzoekers op dit gebied zijn echter nog altijd druk bezig met het doen van diverse onderzoeken om een dergelijk vaccin te kunnen vinden of te ontwikkelen. Wellicht dat er in de toekomst wel een dergelijk vaccin voor ieder mens te verkrijgen zal zijn.