Bij een aangeboren waterhoofd wordt vaak een shunt geplaatst die het hersenvocht afvoert naar het lichaam. Een shunt wordt ook wel een bypass genoemd. De bypass is meestal de oplossing bij een blijvende conditie. Als er een waterhoofd ontstaat door een ongeval, hersenbloeding en dergelijke dan is het vocht in de hersenen meestal een tijdelijke conditie. In dit geval kiest men voor een katheder waardoor het teveel aan vocht verwijdert wordt. Bij een bypass wordt een dunne buis gebruikt die tussen de hersenen en een andere plaats in het lichaam wordt aangebracht. Een katheder is een dun slangetje dat het vocht naar buiten afvoert. Als de behandeling bij een waterhoofd uit een katheder bestaat kun je er vanuit gaan dat de conditie waarschijnlijk zal genezen.
Als het vocht zover verwijdert is dat de druk is afgenomen en het gevaar geweken, begint de behandeling van de oorzaak van het waterhoofd als dit mogelijk is. Bij infectieziekten krijgt men antibiotica voorgeschreven. Als de infectieziekte over is verdwijnt ook het waterhoofd. Soms kan de oorzaak niet behandelt worden en kan het waterhoofd blijven of terugkomen. Een hersentumor kan bijvoorbeeld inoperabel zijn. Soms hebben mensen met een normale druk toch een waterhoofd. De vergeetachtigheid en dementie van ouderen wordt hieraan geweten. Een behandeling kan verlichting brengen als de druk te hoog wordt. De behandeling bestaat bij een waterhoofd met normale druk tot het plaatsen van een bypass. Het nadeel van een shunt of bypass is het risico dat deze verstopt raken waardoor men opnieuw geopereerd moet worden.