Naast aangeboren afwijkingen kunnen er ook erfelijkheidsfactoren bestaan die het risico op een waterhoofd vergroten. Bij erfelijkheidsfactoren kan het waterhoofd zich al vroeg in de zwangerschap ontwikkelen. Hierdoor wordt de kans vergroot op een verstandelijke handicap. Ook kan de baby al in de baarmoeder een infectieziekte oplopen die een waterhoofd veroorzaakt. Tijdens de geboorte kunnen de hersenen van de baby beschadigd raken waardoor een waterhoofd ontstaat. Maar ook net na de geboorte kan een waterhoofd ontstaan door een infectieziekte. Niet alleen baby’s kunnen een waterhoofd krijgen, ook grotere kinderen en volwassenen kunnen door verschillende oorzaken een waterhoofd ontwikkelen.
Als na een ongeval zwaar letsel aan de hersenen ontstaat kan er vocht in de hersenholten terechtkomen of de afvoer kan geblokkeerd raken, ook dan spreekt men van een waterhoofd. Hetzelfde geldt bij een hersenbloeding waarbij het bloed voor extra vocht- en stollingen voor blokkades kunnen zorgen. Een andere bekende oorzaak voor een waterhoofd is een hersentumor. Bij grotere kinderen en volwassenen is het waterhoofd niet meer zichtbaar aan de omvang van het hoofd. De oorzaak hiervan is de harde schedel. Dit maakt een hersenbloeding soms misschien zelfs verraderlijker. Aan de hand van symptomen die ontstaan door het waterhoofd moet de arts een oorzaak vinden en bijhorend onderzoek laten uitrichten. Medicijnen, een shunt en operatie kunnen onder andere helpen om een waterhoofd te genezen of leefbaar te maken. Sommige artsen zijn van mening dat de oorzaak van dementie aan een normale druk waterhoofd te wijten is.