De ziekte van Lyme is een bacteriële infectie en wordt om die reden met antibiotica bestreden. In veel gevallen volgen artsen de CBO-richtlijnen, waarin maximaal dertig dagen het gebruik van antibiotica aan wordt bevolen. Dit zou namelijk genoeg zijn om alle aanwezige Lyme-bacteriën in het lichaam van een patiënt te elimineren.
Dikwijls hebben mensen na een behandeling met antibiotica volgens de CBO-richtlijnen nog altijd bepaalde klachten, of men voel zich een zekere tijd goed maar krijgt op een later moment toch weer klachten (dit worden zogenaamde persisterende klachten genoemd). Indien men niet met behulp van microbiologisch onderzoek aan is aangetoond dat er sprake is van persisterende infectie, dan verondersteld men volgens de CBO-richtlijnen dat alle Lyme-bacteriën gedood zijn.
Het probleem daar van is echter dat het nu juist dikwijls zo lastig is om de infectie aan te tonen. Volgens de ILADS-richtlijnen zijn dit soort veronderstellingen en methoden niet overtuigend en zelfs *onrealistisch.
Op* het ogenblik dat een persoon net is geïnfecteerd, dan bevinden er zich eerst nog maar een gering aantal Lyme-bacteriën in het lichaam en hebben deze zich eveneens nog niet verspreid. Maar de bacteriën zullen zich na verloop van tijd wel gaan vermeerderen en zich in het lichaam gaan verspreiden. De bacterie trekt zich dikwijls terug uit het bloed en gaat vervolgens in weefsels zitten welke voor het immuunsysteem en antibiotica lastig zijn te bereiken. Daarnaast kan het afweersysteem door de infectie ontweken en beïnvloed worden. Verder heeft de bacterie een erg lange delingstijd en kan deze erg lang in een rustfase blijven. In een dergelijke toestand heeft antibiotica geen enkel effect.