Een infectie met de bacterie borrelia burgdorferi leidt in een heleboel gevallen niet tot verschijnselen van de ziekte van Lyme, zoals uit het voorkomen van antistoffen bij mensen uit de risicogroepen (met name arbeiders in de bosbouw) is egbleken, waarvan er een groot aantal wel besmet zijn, of zijn geweest, met de bacterie, zoals uit het onderzoek van hun bloed bleek, maar welke daar nooit iets van hebben gemerkt. In de Verenigde Staten is een asymptomatische seroconversie daarentegen zeldzaam.
Men kan enige tijd na de tekenbeet griepachtige klachten krijgen, zoals een stijve nek, koorts, hoofd- en spierpijn en vermoeidheid. Dergelijke klachten kunnen weer verdwijnen. Wanneer de bacterie zich door het lichaam verspreidt kunnen verschillende nieuwe symptomen ontstaan. De ziekte kan leiden tot ondermeer. neurologische (zenuwstelsel en hersenen), reumatologische (gewrichten en spieren), dermatologische (huid), opthalmologische (ogen), cardiologische (hart) en psychiatrische klachten.
Dikwijls wordt de ziekte van Lyme in drie stadia ingedeeld, met in elk stadium specifieke symptomen. Deze indeling moet worden beschouwd als een model, waarvan de realiteit meestal afwijkt. De ziekte kan per persoon immers heel anders verlopen.
Met stadium 1 wordt vaak een plaatselijke infectie bedoeld op de plek van de beet, alhoewel de spirocheten zich in principe erg snel door het lichaam kunnen verspreiden. Het tweede stadium bedoelt men de fase hierna, waarbij de spirocheten zich door het lichaam hebben verspreid. Het derde stadium is de vaak de chronische ziekte van Lyme.