De vraag is echter niet of personen die het Atkins-dieet volgen wel genoeg energie hebben, maar of deze mensen eveneens voldoende snel in kunnen zetten zoals glycogeen. Feit is namelijk dat er een grotere hoeveelheid zuurstof voor de verbranding van eiwitten en vetten nodig is en daardoor gedurende een kort durende anaerobe toestand minder energie zou kunnen leveren. Wanneer er echter genoeg zuurstof is blijkt bij een langdurige aerobe toestand dat personen met een koolhydraatarm dieet beter in staat zijn om een topprestatie neer te zetten dan personen met een dieet dat rijk is aan koolhydraten door het niet afhankelijk zijn van de voorraad glycogeen en aanmerkelijk minder last hebben van het dalen van de bloedsuikers.
De aanmaak van ketonlichaampjes zou niet alleen een remmend effect hebben op de eetlust, maar bij bepaalde mensen ook misselijkheid en vermoeidheid met zich mee kunnen brengen. Daardoor zou iemand die het dieet van Atkins volgt (te) weinig calorieën verbruiken. Bovenal worden de ketonlichaampjes eveneens langs de uitgeademde lucht en met de urine uit het lichaam verwijderd, met de bekende atkinsadem tot gevolg. Eveneens als de reactie bij het omzetten van vet te heftig is, kan dat tot de vorming van ketonische lichamen leiden welke een grote zuurgraad in het organisme kunnen veroorzaken. Omdat de ketonen echter als brandstof gebruikt worden, worden deze verwerkt tot H2O en CO2 en kan de verzuring van het lichaam worden gebufferd.
Voordat men aan het Atkins-dieet wil gaan beginnen is het dan ook aan te bevelen om eerst een arts te raadplegen. Deze kan niet alleen de bloeddruk meten maar ook nagaan of men zonder problemen aan een dergelijk dieet kan beginnen.