Men mag echter niet vergeten dat er ook complicaties en bepaalde risico’s om de hoek kunnen komen kijken wanneer men een gastric bypass uit heeft laten voeren. Allereerst dient men te bedenken dat men te maken heeft met een zware operatie welke, net als alle operatieve ingrepen, bepaalde risico’s met zich mee kan brengen. Deze ingreep zal namelijk een open wond tot gevolg hebben waardoor men bijvoorbeeld kan gaan bloeden, niet willen genezen of zelfs geïnfecteerd zou kunnen raken.
Na het ondergaan van een gastric bypass kan een patiënt naast de eerder genoemde complicaties verder nog te maken krijgen met een nierstoornis, cirrose (het afsterven van de lever) of een elektrolyten stoornis ontwikkelen. In bepaalde gevallen kan het dan ook nodig zijn om opnieuw een operatie uit te voeren om deze complicaties weer te kunnen verhelpen. Een buikhernia is een veel voorkomende complicatie waarvoor men een vervolgoperatie uit dient te laten voeren. Maar ook het breken van de nietjeslijn, een uitgerekt maagje of een infectie in de buik kunnen het nodig maken om weer tot opereren over te moeten gaan.
Men kan eveneens galstenen gaan vormen welke echter door bepaalde medicatie voorkomen kunnen worden, mits deze de eerste zes maanden na de ingreep in worden genomen. Door een gebrek aan een aantal voedingsstoffen is het mogelijk dat er daaraan gerelateerde ziektes als osteoporose of een botaandoening ontstaan. In de regel is dit te voorkomen door vitamines en mineralen in te nemen naast het gewone voedsel. Hoewel deze slechts een halve procent bedraagt mag men de kans op dat men overlijdt tijdens een gastric bypassoperatie niet geheel uit te sluiten.