Tijdens een keizersnede kunnen beschadigingen ontstaan. De arts moet door verschillende huidlagen heen snijden. De blaas moet losgemaakt en verlegd worden, een blaasontsteking is dan ook een van de vaak voorkomende complicaties. Net zoals je door een injectie een blauwe plek kunt krijgen kan ook onderhuids een blauwe plek ontstaan. Een littekenbreuk kan het gevolg zijn van deze onderhuidse bloeduitstorting. Vooral bij ongeplande keizersnede is er een kans op veel bloedverlies met name bij een losgelaten placenta, maar dit kan ook gebeuren als de placenta voor de baby ligt.
Een pijnlijke complicatie bij een keizersnede is overgeven. Misselijkheid en overgeven kan voorkomen als de darmen niet op gang komen of als reactie op de ruggenprik of narcose. Door de spanning op de buik en de inwendige littekens is de kans op nabloedingen groter door bijvoorbeeld een losgelaten hechting. Nabloedingen kunnen ook spontaan ontstaan. De kans op trombose is groter omdat je langer moet liggen. Voor verschillende complicaties zijn medicijnen nodig, dit kan een probleem zijn als je borstvoeding wilt geven. Een andere pijnlijke complicatie die bovendien ernstig kan zijn is ontsteking van de wond. Bij een geplande keizersnede zijn complicaties niet altijd te voorzien. Vaak is de partner bij de keizersnede aanwezig. Bij het optreden van complicaties kan het zijn dat iemand van het team de partner naar buiten brengt. Bij een ongeplande keizersnede beslist de arts vooraf of de partner wel of niet mee mag naar de operatiekamer.