Penicilline* slaat echter in bepaalde gevallen niet aan, omdat de longontsteking veroorzaakt wordt door: een andere soort bacterie waartegen enkel een ander soort antibioticum ingezet dient te worden, een pneumokok welke voor een deel of volledig resistent tegen penicilline is geworden of een andere soort ziekteverwekker de oorzaak van de longontsteking is dan een bacterie.
Bijwerkingen van penicilline kunnen in bepaalde gevallen zijn: last van de maag met diarree en misselijkheid. Deze bijwerking zijn echter heel normaal en zijn niet gevaarlijk. Verder kan de penicilline zorgen voor een lichte tot ernstige allergische reactie, uiteenlopend van een jeukende vorm van huidslag en een gevaarlijke zwelling van de keel en de mond tot een levensgevaarlijke daling van de bloeddruk en shock. Op het moment dat men ooit een allergisch e reactie heeft gekregen door het gebruik van penicilline dan dient men dit in alle gevallen aan de behandelend arts te melden. Er zijn namelijk een aantal goede alternatieven zoals de kinolonen, macroliden en tertracyclines.
Op het moment dat men longontsteking heeft opgelopen dan moet men naast een medicinale behandeling ook de medicatie stipt in te nemen, voldoende slapen en rust nemen, gezond eten, niet roken en goed gecontroleerd worden door de huisarts. Zo kan de arts beslissen waar men het best behandeld kan worden: thuis of in het ziekenhuis. Hierbij spelen de leeftijd en de verdere lichamelijke conditie van de patiënt een belangrijke rol.