Zo kreeg zij onder andere kritiek op het dieet, hoewel er wel vast werd gesteld dat men ervan af kon vallen, op de afwezigheid van voldoende handvatten om op de langere termijn een gezond eetpatroon mee te kunnen ontwikkelen, waardoor een afvaller ook daadwerkelijk slank zou kunnen blijven. De adviezen die men in haar boeken kan vinden zijn verder tamelijk summier en beperken zich enkel tot het drietal hoofdmaaltijden die men dagelijks gebruikt samen met het voldoende bewegen van het lichaam. Er rezen twijfels of deze beperkte informatie genoeg zou zijn om het voedingspatroon op een structurele wijze aan te passen en op die manier het risico op terugval terug te dringen.
De boeken van de hand van Sonja Bakker zouden verder, volgens critici, weetjes bevatten die niet overeenstemmen met wetenschappelijk onderzoek. Voorbeelden daarvan zijn fruit het lichaam zou reinigen, koffie vocht eraan zou onttrekken en witte wijn voor het ontstaan van cellulitis zou zorgen. Tevens vond men dat in het Sonja Bakkerdieet brood en zuivel een ondergeschikte rol speelden, wat niet in overeenstemming is met een gezonde leefstijl.
Ook diëtisten staan vaak kritisch tegenover de aanbevelingen van mensen zoals Sonja Bakker. Vanuit deze beroepsgroep gaat er dan ook een waarschuwing uit voor de gezondheidsrisico’s van dit soort moderne diëten en eveneens voor de al te rooskleurige voorstellingen met betrekking tot de resultaten die hiermee kunnen worden behaald.
Verder zou men blijvende problemen kunnen krijgen door het volgen van de methode van Sonja Bakker. Zo zou de stofwisseling bijvoorbeeld in de problemen kunnen komen evenals het eetgedrag. Het dieet heeft namelijk een zelfopgelegde hongersnood tot gevolg, zodat het lichaam over zal gaan op het noodrantsoen en daardoor extra zuinig zal zijn met de weinig aangeleverde energie. Bovendien is het resultaat van dit dieet beperkt.