De voorgeschreven medicijnen dienen voor de duur van een langere tijd in worden genomen. Het kan een bepaalde tijd duren voor de medicatie pas echt zal gaan werken. Helaas kennen een groot deel van deze medicijnen eveneens een aantal bijwerkingen. Deze bijwerkingen lopen uiteen van onschuldig tot vervelend. Om die reden wordt bij sommige geneesmiddelen bloed afgenomen om eventuele bijwerkingen op te kunnen sporen en indien nodig de medicatie aan te passen.
Op het m9oment dat de geneesmiddelen niet (meer) helpen of zodra er een ernstige vernauwing of een totale afsluiting van de darm is ontstaan, dan is een operatie aan de darm noodzakelijk. In het geval er sprake is van de aandoening Colitis Ulcerosa wordt in de meeste gevallen heel de dikke darm, inclusief de endeldarm, weggehaald. In bepaalde gevallen wordt er na de operatie ook een stoma aangelegd. Dit is een zakje dat buiten het lichaam op de buik gedragen wordt. Langs een slangetje wordt de ontlasting dan naar dit zakje getransporteerd, dat dan ook tijdig geleegd dient te worden.
Een andere oplossing is een klein stukje endeldarm laten zitten en dit weer aan de dunne darm vastmaken. Tevens kan er van weefsel van de dunne darm een soort opvangzakje gemaakt worden. Daardoor verlaat de ontlasting niet meteen het lichaam vanuit de dunne darm. Deze wordt echter niet langer ingedikt in de dikke darm en een bezoek aan het toilet zal hierdoor frequenter nodig zijn.
Bij de nieuwere operatie Ilea Neo Rectale Anastomose, de INRA-techniek. wordt de dikke darm volledig weggehaald, maar van de endeldarm enkel de slijmvlieslaag. Het slijmvlies wordt vervolgens vervangen door slijmvlies van de gezonde dunne darm. Bij zeer ernstige klachten dient vaker in te worden gegrepen en wordt steeds een deel van de darmen weggehaald.