Beschreven is dat de behandeling van keelpijn met behulp van amoxicilline, dit in de veronderstelling dat de veroorzaker ervan een streptokok is, maar wanneer het in werkelijkheid klierkoorts betrof erg vaak een huiduitslag tot gevolg kan hebben. Daardoor zou onterecht de indruk kunnen ontstaan dat de patiënt allergisch is voor amoxicilline. Smalspectrumpenicillines laten ene dergelijke bijwerking echter niet zien. Op het moment dat het bekend is dat het om klierkoorts gaat heeft een behandeling met behulp van een antibioticum geen zin. Echter, in de acute fase van klierkoorts is men erg vatbaar voor overige infecties. Om daartegen te kunnen beschermen worden wel dikwijls door een arts bepaalde antibiotica voorgeschreven.
Omdat de klierkoorts samen gaat met een ontsteking van de lever, ook wanneer daar geen verschijnselen van waar te nemen zijn, wordt aangeraden de lever niet te belasten door bijvoorbeeld alcoholische dranken te drinken. Dat gebruik van een matige hoeveelheid van de pi9jnstiller paracetamol schadelijk zou zijn is nog niet wetenschappelijk bewezen, hoewel er wel incidentele meldingen van hepatitis bij klierkoorts na het gebruik van paracetamol zijn gedaan.
Op 12 december in het jaar 2007 kwam Etienne Sokal in het nieuws toen er aan werd gekondigd dat hij na een onderzoek dat zeven jaar in beslag had genomen een vaccin had weten te ontwikkelen waarmee klierkoorts bestreden kan worden bestreden. Het vaccin is met name effectief op het moment dat men er reeds op erg jonge leeftijd mee in wordt geënt. Dit middel wordt echter tot op de dag van vandaag nog niet veelvuldig gebruikt.