Een* lichamelijk aandoening die secundaire amenorroe veroorzaakt kan soms tot complicaties leiden. Het is belangrijk om bij het plotseling uitblijven van de menstruatie naar een arts te gaan om lichamelijke oorzaken uit te sluiten of te verhelpen. Enkele lichamelijke aandoeningen die het uitblijven van de menstruatie veroorzaken zijn schildklieraandoeningen, auto-immuunziekten en lestel aan de voortplantingsorganen. Bij een primaire amenorroe is de ontwikkeling wel zichtbaar maar blijft de menstruatie weg. Vanaf het zestiende jaar wordt van amenorroe gesproken. Primaire amenorroe kan het gevolg van een aangeboren aandoening- of syndroom zijn zoals een afwijking in de hypofyse. Ook kan het maagdenvlies gesloten zijn.
Als een meisje van zestien amenorroe heeft volgt een lichamelijk onderzoek om afwijkingen en aandoeningen uit te sluiten. Als er geen duidelijke oorzaken zijn aan te wijzen kan de huisarts besluiten om eerst een progesteron te proberen. Na het progesteron treedt normaal gesproken na een week een bloeding op. Dit wil niet zeggen dat de menstruatiecyclus meteen inzet, maar wil dat alles normaal functioneert en dat het meisje binnen een paar jaar zal gaan menstrueren. Reageert een zestienjarige niet op progesteron dan volgt in de meeste gevallen een verwijzing naar de gynaecoloog voor verder onderzoek. Duidelijke oorzaken voor primaire amenorroe zijn onder andere anorexia, extreem sporten, gesloten maagdenvlies en overgewicht. Bij een gesloten maagdenvlies kan het meisje wel menstrueren maar blijft de bloeding in de baarmoeder. In een maagdenvlies hoort een natuurlijke opening voor de menstruatie te zitten.