In het grootste deel van alle gevallen is een bacterie namelijk de veroorzaker van het ontstaan van een maagzweer, te weten: de Helicobacter pylori. Deze Helicobacter pylori is één van de weinige bacteriën welke het maagzuur weet te overleven. Op het moment dat deze bacterie eenmaal in de maag aanwezig blijkt te zijn dan blijft deze daar (wanneer er geen behandeling volgt) voor de rest van het leven van de patiënt daar aanwezig. Het is nog niet volledig duidelijk hoe een patiënt besmet zou kunnen worden met de Helicobacter. Men weet echter wel dat besmetting eigenlijk enkel en alleen op jonge leeftijd plaats kan vinden en dat slechte hygiënische omstandigheden hierbij een rol zullen spelen.
Een maagzweer kan eveneens veroorzaakt worden door voor de duur van een lange tijd bepaalde ontstekingsremmende pijnstillers en aspirine te gebruiken. Dergelijke ontstekingsremmende pijnstillers, de zogeheten Non Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAID’s) worden bijvoorbeeld vaak door patiënten die lijden aan reuma gebruikt.
In alle gevallen wordt echter de wand van de maag of de twaalfvingerige darm aangetast en geïrriteerd waardoor er een grotere hoeveelheid maagzuur aan wordt gemaakt. Het gebruik van alcoholische dranken, tabakswaren en pittig gekruid voedsel kan de klachten echter nog verder doen toenemen. Dit zijn namelijk producten die de wand van de maag extra zullen prikkelen waardoor er wederom meer maagzuur zal worden aangemaakt.
De bacterie die verantwoordelijk is voor het ontstaan van een maagzweer is, in tegenstelling tot de andere bacteriën, wel in staat om inm leven te blijven in de zure omgeving van de maag en daar, of in de twaalfvingerige darm, de wand aan te tasten zodat er uiteindelijk een zweer zal worden gevormd. De behandeling van een maagzweer is vandaag de dag dan ook gericht op het bestrijden van de bacterie en het remmen van de maagzuurproductie zodat de wand van de maag of de twaalfvingerige darm beter zal verlopen.