Nekpijn ontstaat vaak door een verkeerde beweging en verkeerde houding. Te lang gebogen zitten met de nek of een onverwachte beweging kan ervoor zorgen dat de spieren van de nek verrekken of gaan protesteren. Dit uit zich in pijn. Vaak helpt een paar keer draaien en de nek even rust gunnen. Bij een whiplash heb je ook een verkeerde beweging maar hierbij gebeurt dit met zo’n klap dat de spieren in de nek blijvend schade oplopen. Het gevolg is vaak een leven lang pijn in de nek. Nekpijn kan ook optreden als gevolg van een pijn elders. Vooral bij schouderpijn en pijn in de rug is nekpijn een bijverschijnsel. Je houding wordt anders en daarmee ook de beweging van de spieren in je nek.
Ook ziekten kunnen de oorzaak zijn van nekpijn. Een kind dat hersenvliesontsteking heeft zal de nek niet bewegen. De nekpijn is hier een van de meest herkenbare symptomen. Ook een bekende aandoening is de nekhernia. De oorzaak van de nekpijn is een verschuiving van een tussenwervel in de nek. Hierdoor worden de ruggenmergzenuwen geïrriteerd. Minder bekend is de ziekte van Bechterew. Hierbij verstijven de wervelgewrichten wat nekpijn veroorzaakt. Ook slijtage is een oorzaak voor nekpijn. De slijtage wordt meestal veroorzaakt door jarenlange overbelasting van de nekspieren. Bij sommige beroepen is het risico op repeterende bewegingen groter dan bij anderen. Ook mensen in stille beroepen waarbij de nek bijna niet wordt bewogen hebben risico op slijtageverschijnselen.